Pozostałe w gmachu Biblioteki Ordynacji Krasińskich rękopisy, które przetrwały bez strat okres powstania warszawskiego, zostały zniszczone przez wojsko niemieckie w ramach planowych podpaleń w październiku 1944 r., po ewakuacji ludności cywilnej z miasta.

Po wojnie od 1945 r. powracały do pustych magazynów BN wywiezione przez okupanta niewielkie fragmenty zbiorów rękopiśmiennych. Największe transporty rękopisów nadeszły w r. 1946 z Fischhorn w Austrii; z Moskwy w 1947 r. i 1958 r. zwrócono rękopisy znajdujące się pośród zbiorów zagarniętych przez Armię Czerwoną w Niemczech, a w 1959 r. rząd kanadyjski zwrócił rękopisy, złożone w Banku w Montrealu wraz ze skarbami wawelskimi w depozycie podczas wojny.

Podliczenie rękopisów ze wszystkich transportów wykazało, że odzyskano ze zbiorów przedwojennych zaledwie około 2000 rękopisów. Do strat zaliczyć trzeba 11 406 rękopisów zwróconych dawniej z Petersburga (tzw. rewindykatów), 2253 rękopisów rapperswilskich, niemal całość batignolskich, horynieckich, podzameckich i wilanowskich oraz rękopisy J. I. Kraszewskiego. Spośród innych przedwojennych nabytków BN uległy zniszczeniu spuścizny wybitnych pisarzy: Wacława Berenta, Józefa Blizińskiego, Marii Konopnickiej, Józefa Korzeniowskiego, Aleksandra Kraushara, Adama Antoniego Kryńskiego, Artura Oppmana, Stanisława Przybyszewskiego, Lucjana Siemieńskiego. Zniszczeniu uległy również zbiory: Zdzisława Dębickiego, Stanisława Wyspiańskiego, Kazimierza Władysława Wóycickiego, Jerzego Józefa Kallenbacha, Józefa Łepkowskiego (ze spuścizną Karola Libelta) oraz Zygmunta Wolskiego. Jako dokumentację tych strat BN posiada, poza tomami przedwojennych katalogów drukowanych (obejmujących zbiory rapperswilskie i batignolskie), akcesyjną księgę nabytków z lat 1928-1944 oraz odtworzony na podstawie literatury naukowej inwentarz rewindykatów, obejmujący przede wszystkim zbiory dawnej Biblioteki Załuskich.